Film jest luźną adaptacją klasycznej powieści Josepha Conrada "Jądro ciemności", ale jego akcja została przeniesiona do czasów wojny w Wietnamie. Skupia się na podróży kapitana Willarda (Sheen), oficera amerykańskiego wywiadu, wysłanego z niebezpieczną misją do Kambodży. Ma "bezwzględnie wyeliminować" pułkownika Kurtza (Brando). Czyli dezertera, który popadł w szaleństwo i zbuntował się przeciwko swoim przełożonym. W trakcie podróży rzeką w górę, kapitan Willard spotyka porucznika Kilgore'a, który prowadzi szwadron helikopterów do walki. Organizuje zawody surfingowe, mimo że wrogie oddziały ostrzeliwują wybrzeże. To Kilgore umieszcza Willarda na wojskowej łodzi patrolowej, której czteroosobowa załoga tworzy swoisty mikrokosmos amerykańskiej armii. Dowódca łodzi, ciemnoskóry Chief Philips, jest byłym taksówkarzem, który stara się chronić swoją jednostkę przed zatonięciem i swoich ludzi przed narkotykowym obłędem. Chef, kucharz z Nowego Orleanu, dołączył do marynarki w nadziei na lepsze jedzenie niż w piechocie. Są jeszcze Clean, ciemnoskóry nastolatek z Bronxu, którego gra 15-letni Laurence Fishburne, oraz Lance, kalifornijski surfer porwany przez wojenną zawieruchę. Podczas przemierzania terytorium Kambodży bohaterowie zagłębiają się w otchłań iluzji i wszechogarniającego szaleństwa, poznając najciemniejsze zakamarki ludzkiego serca.