Film "Służby specjalne" to opowieść oparta na szczegółowej dokumentacji ukazująca rzeczywistość pracy oficerów polskich tajnych służb. Film zaczyna się w momencie likwidacji WSI, które uznano przez komisję za organizację przestępczą. Wyrzucając na ulicę fachowców z tajemną wiedzą, niektórzy z nich znajdują swoje miejsce w biznesie. Jednak film koncentruje się na tych, którzy nie znaleźli pracy w cywilu. Wówczas politycy zdają sobie sprawę, że likwidacja Wojskowych Służb Informacyjnych pozbawiła Polskę ważnych narzędzi wywiadowczych. W efekcie jeden z byłych szefów otrzymuje zadanie zwerbowania oficerów do nowo tworzonych służb. W skład jednej z sekcji wchodzą kapitan Janusz Cerat, pułkownik Marian Bońka oraz usunięta z ABW Aleksandra Lach. Podczas pracy nad sprawami, które trafiają na pierwsze strony gazet, każdy z nich musi stawić czoła własnym lękom.