Bohaterowie to Lew Alex, Zebra Marty, Żyrafa Melman, Hipopotamica Gloria, Król Julian, Maurice, Pingwiny i Szympansy. Znalezione na odległym wybrzeżu Madagaskaru wymyślają nowy, szalony plan. W obliczu przeciwności losu, bohaterowie z nowojorskiego zoo opracowują strategię tak nieprawdopodobną, że może się okazać efektywna. Pingwiny, z wojskową dokładnością, naprawiają stary, rozbity samolot, co na pierwszy rzut oka wydaje się sukcesem. Krótko po wzniesieniu się w powietrze linii lotniczych Pingwin, z niecodzienną załogą na pokładzie, maszyna utrzymuje się w powietrzu. Ma przenieść naszych protagonistów do jednego z najdzikszych zakątków świata - ogromnych równin Afryki. To właśnie w tym nieoczekiwanym miejscu docelowym członkowie załogi po raz pierwszy spotykają swoich dzikich krewniaków.