Shrek z Fioną spokojnie żyją na zamku w Zasiedmiogórogrodzie, aż nagle króla Harolda dopada poważna choroba. Świadom, że jego czas dobiega końca, król postanawia przekazać królestwo swojemu zięciowi. Dla Shreka, który nigdy nie wyobrażał sobie siebie jako władcy, ta propozycja jest jednak przytłaczająca. Zdeterminowany, by uniknąć tronu, wyrusza na misję odnalezienia dalekiego krewnego, Artura – młodzieńca, który mógłby objąć rządy. W wyprawie towarzyszą mu wierny kot w butach i niezawodnie rozgadany osioł, który potrafi doprowadzić do granic cierpliwości. Nim jednak wyruszy, Shrek dowiaduje się, że Fiona jest w ciąży. Wówczas wizje o rosnącej gromadce dzieci stają się źródłem koszmarów. Tymczasem królestwu zagraża podły Książę z Bajki, który pragnie przejąć koronę i podporządkować sobie mieszkańców, zanim Shrek powróci ze swojej wyprawy.