Hellboy wraz z młodą agentką Song wyruszają na misję w niegościnne, górskie obszary. W lasach mieszka bowiem sekretna społeczność, która oddaje cześć złowieszczym mocom. Ich zadaniem jest odnalezienie niebezpiecznego czarownika, który zbiegł z miejsca odosobnienia i prawdopodobnie ukrywa się wśród członków tego kultu. Szybko okazuje się, że weszli w sam środek konfliktu dwóch mrocznych sił, których moce wykraczają poza zrozumienie zwykłych śmiertelników. Dostają wsparcie od niewidomego księdza, eksperta od czarnej magii, oraz dezertora, który zna lokalne tajemnice. Hellboy i Song muszą powstrzymać zbliżający się rytuał wskrzeszenia demonicznego bytu o niepokojąco wielkiej mocy. Ich misja staje się wyścigiem z czasem, by zapobiec katastrofie, której skutki mogłyby być niewyobrażalne dla całego świata.