Dziesięć lat po konflikcie na Naboo, stabilność galaktycznej Republiki ponownie jest pod znakiem zapytania. Książę Dooku (w postaci Christophera Lee) zbiera wokół siebie planety buntujące się przeciw demokratycznym porządkom, stając na czele separatystów. Padme Amidala (w rolę wciela się Natalie Portman), niegdyś królowa Naboo, teraz jako wpływowa senator, opowiada się przeciw separatystycznym tendencjom, jednocześnie wyrażając sprzeciw wobec ekspansji militarnej. Jej stanowisko sprawia, że Amidala staje się celem dla wielu wrogów. W obronie senator przydzielono dwóch Rycerzy Jedi - Obi-Wana Kenobiego (Ewan McGregor) i Anakina Skywalkera (Hayden Christensen). Między Amidala a Anakinem rozkwita uczucie, które muszą ukrywać z powodu reguł Jedi zabraniających zaangażowań emocjonalnych. Tymczasem Obi-Wan natrafia na ślad tajnej bazy, w której powstaje armia stanowiąca zagrożenie dla bezpieczeństwa Republiki.