Dwadzieścia lat minęło od czasu, gdy ludzkość zdołała odeprzeć kosmiczną inwazję. Przez te lata zbudowano zaawansowany system obronny, który niemal wyeliminował przestępczość i dał mieszkańcom Ziemi poczucie pełnego bezpieczeństwa. Nikt nie spodziewa się zagrożenia z kosmosu, a obchody Dnia Niepodległości zbliżają się w radosnej atmosferze. Jednak dr David Levinson (Jeff Goldblum) podczas wyprawy do Afryki natrafia na tajemniczy wrak statku obcych. Wówczas dokonuje przerażającego odkrycia – wróg zdążył nadać sygnał SOS. Równocześnie były prezydent USA, Thomas Whitmore (Bill Pullman), zaczyna doświadczać telepatycznych przesłań z kosmosu. Nad Ziemią wisi cień nowej inwazji, a czas przygotowań do walki z nieznanym wrogiem znów się rozpoczyna.